万历三十九年京察，因辽东任上的出色阐扬爱搞搞，熊廷弼有望升任辽东巡抚或复返京师任北直隶督学巡按御史。但给事中段然却力劝吏部尚书孙丕扬将熊廷弼远放南京，委任为提督南直隶学政。

段然的原理是江南“士风嚣悍爱搞搞，所在围官府、焚缙绅房屋，都目为蓝袍大王，莫敢问”，只消熊廷弼这种文武兼备、手腕坚韧人才诊治顿江南士林。说得理直气壮，但他并不是丹心为朝廷研讨。

万历三十七年东林霸术李三才入阁一案爆发，东林和非东林伸开了长达一年的战斗（这是明末党争的璀璨性事件）。非东林学派的官员大多但愿原礼部侍郎郭正域入阁，段磋磨词站队李三才一边。而熊廷弼和郭正域不仅互视对方为亲信，已经儿女亲家。

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另外段然和兵科给事中胡嘉栋是死敌人，万历三十八年段然逮住胡嘉栋责任失算的契机发起标谤。恰是熊廷弼上疏为胡辩解，才让他免于受过。熊出头救胡的原因是，胡嘉栋在异域试时对他有知遇扶携之恩。

是以段然便是在专诚下绊子，让熊廷弼这个楚党去东林的大本营“整治”东林学子，欲借党争之手扳倒我方的敌东说念主。

万历三十九年八月，熊廷弼到达南京履任。很快他就发现了“士风嚣悍”的根源，不少学子依仗的不是才学而是场所显贵的裙带干系。熊廷弼的应酬圭臬也很肤浅，切身合手“岁考”，品学兼优的升迁，不成的奉命。

注：“岁考”是针对各府官学生员（廪生、增生、附生）的考评。施行收货分六等爱搞搞，一二等可进入乡试，三等无赏无罚，四等需秉承栽植惩责，五等左迁，六等斥革生员履历。